Uniwersytet Szczeciński dołączył do grona uniwersytetów polskich, które postanowiły powrócić do wielowiekowej tradycji i pełnego znaczenia „universitas” w wymiarach Uczelni. Stało się tak wcześniej wolą senatów uniwersytetów w Opolu, Poznaniu, Katowicach, Olsztynie i Toruniu. U naszych zachodnich sąsiadów wydziały teologiczne funkcjonują na dwunastu uniwersytetach państwowych. Poza Niemcami wydziały teologiczne istnieją w uniwersytetach państwowych, m.in. w Wiedniu, Pradze, Bratysławie, Strasburgu, Salzburgu, Innsbrucku, Grazu, Zagrzebiu, Splicie, Fryburgu, Ljubljanie i Kownie. Oprócz tego na świecie wydziały teologiczne funkcjonują w pięćdziesięciu uniwersytetach katolickich, a prawie siedemdziesiąt działa samodzielnie jako papieskie wydziały teologiczne.
Związek Kościoła z uniwersytetem na Pomorzu Zachodnim sięga korzeniami XV wieku. Rozwój diecezji, najpierw nazywanej pomorską, z siedzibą biskupa w Wolinie, a następnie kamieńską, był niegdyś tak dynamiczny, że biskup kamieński mógł w połowie XV wieku założyć uniwersytet w Gryfii. Dokonało się to dzięki mądrości biskupa Heninga Ivena (1446 – 1468) i księcia Warcisława IX. Bullę ustanawiającą uniwersytet wydał papież Kalikst III 29 maja 1456 roku, co potwierdził cesarz Fryderyk III. Ta spuścizna, którą mogą szczycić się tylko nieliczne Kościoły partykularne w Polsce, przypomina związki, jakie łączyły misję Kościoła z dziejami uniwersytetów. Uczelnia w Gryfii, po burzliwej historii, istnieje do dzisiaj. W 1972 roku erygowano diecezję szczecińsko-kamieńską, a następnie archidiecezję. Trzynaście lat później, w 1985 roku, utworzono Uniwersytet Szczeciński. W pierwszą rocznicę strajku szczecińskiego, w 1981 roku, ks. biskup Kazimierz Majdański przy bramie stoczni mówił: Jest odpowiednia chwila, by świadczyć, że Kościół na Pomorzu Zachodnim całym sercem popiera myśl o powstaniu uniwersytetu w Szczecinie. W Szczecinie – to znaczy w dużym, największym bez uniwersytetu, polskim mieście, w stolicy Pomorza Zachodniego.
Wkład Kościoła w powstanie Uniwersytetu Szczecińskiego został doceniony bardzo symbolicznie poprzez nadanie – pierwszego w tych krótkich dziejach uczelni – w 1992 roku tytułu doktora honoris causa ks. biskupowi Kazimierzowi Majdańskiemu.
Od początku lat dziewięćdziesiątych toczyły się, między władzami uczelni i przedstawicielami Kościoła rozmowy na temat powołania Wydziału Teologicznego w Uniwersytecie. Obie strony podejmowały konkretne działania zmierzające do realizacji wyznaczonego celu. W tym czasie zakończono budowę Wyższego Seminarium Duchownego, tworzono bibliotekę, z której obecnie korzysta środowisko akademickie miasta i regionu, a księża pracownicy naukowo-dydaktyczni zdobywali odpowiednie kwalifikacje naukowe. Bardzo ważnym etapem było włączenie Wyższego Seminarium Duchownego do struktur Papieskiego Wydziału Teologicznego w Poznaniu w 1994 r., a następnie Wydziału Teologicznego Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w 1998 r. 
Budowanie i rozwijanie środowiska akademickiego stanowiło ważne zadanie całej wspólnoty kościelnej. Kościołowi zawsze chodziło o dobro człowieka, pytającego o sens życia i działania, o uprawnienia i cel nauki, o wartości moralne i duchowe. Dlatego Kościół pozostał i pozostaje – jak mówi Jan Paweł II – (…) solidarny z uniwersytetem i jego problemami, gdyż wie, że tego uniwersytetu potrzebuje, ażeby jego wiara mogła się ucieleśnić i stać się kulturą; a także dlatego, że Kościół utrzymuje, iż poszukiwanie prawdy wchodzi w zakres samego powołania człowieka, stworzonego przez Boga na Jego obraz .
Utworzenie Wydziału Teologicznego zostało poprzedzone kilkuletnią pracą komisji uniwersyteckiej i kościelnej.
Ważnym momentem wspólnych prac było porozumienie w sprawie utworzenia Wydziału Teologicznego
w Uniwersytecie Szczecińskim z dn. 9. lipca 2001 roku, które zostało podpisane przez Rektora Uniwersytetu
i Arcybiskupa Metropolitę po wcześniejszej konsultacji z Senatem. Dalsze prace doprowadziły ostatecznie do uchwały Senatu Uniwersytetu z dn. 24 kwietnia 2003 roku, w której wyrażono jednomyślnie zgodę na utworzenie Wydziału Teologicznego. Uchwała otworzyła procedurę erygowania Wydziału przez Stolicę Apostolską. W marcu ubiegłego roku, po spełnieniu wszystkich wymogów strony kościelnej, Kongregacji a Edukacji Katolickiej podjęła bezpośrednie prace zmierzające do ostatecznego utworzenia Wydziału. Dekret erygujący Wydział w Szczecinie wydano dn. 9 sierpnia 2003 roku w święto św. Benedykty od Krzyża, Edyty Stein, filozofa i karmelitanki, patronki Europy.
Zgodnie z postanowieniami Konkordatu między Stolicą Apostolską i Rzecząpospolitą Polską, Rząd i Konferencja Episkopatu Polski, działająca z upoważnienia udzielonego jej przez Stolicę Apostolską, podpisały umowę określającą status prawny Wydziału Teologicznego w Uniwersytecie. Podpisanie tej umowy po uprzedniej decyzji Rady Ministrów nastąpiło w Ministerstwie Edukacji Narodowej i Sportu dn. 9 stycznia 2004 roku. Stronę państwową reprezentowali: minister Krystyna Łybacka i prof. Zdzisław Chmielewski, Rektor Uniwersytetu Szczecińskiego, zaś stronę kościelną: kard. Prymas Józef Glemp, Przewodniczący Konferencji Episkopatu Polski i arcybiskup Zygmunt Kamiński, Metropolita Szczecińsko Kamieński.
Wydział Teologiczny, utworzony przez Stolicę Apostolską jest integralną jednostką organizacyjną Uniwersytetu Szczecińskiego. W swojej działalności naukowo-dydaktycznej rządzi się przepisami obowiązującymi państwowe szkolnictwo wyższe, Statutem Uniwersytetu oraz przepisami kościelnymi, zawartymi w dokumentach Kościoła, głównie w Konstytucji Apostolskiej Jana Pawła II „Sapientia Christiana”. Wydział musi spełniać kryteria naukowe, które pozwolą promować kadrę akademicką. Ma zatem taki sam status jak pozostałe wydziały Uniwersytetu, jedyna różnica dotyczy nadzoru. Oprócz Ministra Edukacji Narodowej i Sportu, Rektora i Senatu, nadzór nad wydziałem – zgodnie z Ustawą o szkolnictwie wyższym – sprawuje zwierzchnik Kościoła. Zwierzchnikiem tym w stosunku do Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Szczecińskiego będzie Arcybiskup Metropolita Szczecińsko – Kamieński, jako Wielki Kanclerz Wydziału.